Theo tờ trình của Chính phủ, các loại tài nguyên điều chỉnh mức thuế suất bao gồm: sắt tăng từ 10% lên 13%; titan tăng từ 11% lên 16%; vàng tăng từ 15% lên 22%; vonfram, Antimoan tăng từ 10% lên 18%; đồng tăng từ 10% lên 15%; niken tăng từ 10% lên 12%; đất làm gạch tăng từ 7% lên 10%; cát tăng từ 10% lên 11% (cho phù hợp với mức thuế suất của cát làm thủy tinh); 

Thuế suất của đá, sỏi cũng được đề nghị tăng từ 6% lên 7% (cho phù hợp với mức thuế suất của đá nung vôi và sản xuất xi măng); của apatit tăng từ 3% lên 5%; than tăng từ 5-7% lên tương ứng là 7-9%.

Đối với nước thiên nhiên dùng cho mục đích khác (ngoài mục đích dùng cho sản xuất nước sạch) Chính phủ đề nghị thuế suất 3% nếu sử dụng nước mặt và 5% nếu sử dụng nước dưới đất. Đối với nước thiên nhiên dùng cho sản xuất thủy điện, tăng từ 2% lên 4%.

Với các mức thuế suất dự tính điều chỉnh như nêu trên thì số thu thuế tài nguyên tăng lên khoảng 2.279 tỷ đồng (với giả thiết số thu thuế của các loại tài nguyên khác không thay đổi), Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn cho biết.

Chính phủ cũng đề nghị hiệu lực thi hành của nghị quyết này là từ ngày 1/1/2014.

Báo cáo thẩm tra do Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Phùng Quốc Hiển trình bày thể hiện khá nhiều quan điểm khác nhau ngay chính tại cơ quan này. 

Như, với sắt, đa số ý kiến đề nghị xem xét nâng thuế suất đối lên 15%, nhưng một số ý kiến khác đồng ý 13%, có ý kiến đề nghị giữ nguyên mức thuế suất hiện hành 10%.

Với vàng, hiện Luật Thuế tài nguyên quy định khung thuế suất đối với vàng từ 9-25%. Mức thuế suất hiện hành là 15%. Chính phủ muốn nâng lên 22%. 

Cơ quan thẩm tra cũng có nhiều loại ý kiến, một là giữ nguyên 15%, loại khác tán thành với đề xuất của Chính phủ, và cũng có ý kiến đề nghị nâng thuế suất đối với vàng lên mức trần của khung hiện hành là 25%.

"Ý kiến cá nhân tôi thì thuế suất vàng cũng cần nâng lên nhưng 22% thì sốc quá, nên là 17 - 18% thôi", ông Hiển phát biểu.

Chủ nhiệm Phùng Quốc Hiển cũng báo cáo thêm thông tin về kiến nghị của một số địa phương, doanh nghiệp và cả đại sứ quán của một số nước về việc không nên tăng thuế một số loại tài nguyên trong thời điểm hiện nay.

Phó chủ tịch Huỳnh Ngọc Sơn, qua nghe các kiến nghị và giám sát thực tế cũng bày tỏ sự băn khoăn. Trước mắt có thể dừng chưa điều chỉnh, chờ vĩ mô ổn định đã, đang tái cơ cấu nền kinh tế mà cứ cái tăng cái giảm, ông Sơn phát biểu.

Sau đề nghị của Phó chủ tịch Uông Chu Lưu về làm rõ ảnh hưởng của sự điều chỉnh đối với các doanh nghiệp khai khoáng, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn khẳng định Bộ này đã tính toán và thấy hợp lý. Đặc biệt là so với nhiều nước thì mức thuế của Việt Nam vẫn thấp hơn.

Đồng tình cao với đề xuất của Chính phủ, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp Nguyễn Văn Hiện cho rằng không nên định hướng là nhà nghèo có gì bán được thì bán mà nên tăng thuế theo lộ trình phù hợp.

Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế Nguyễn Văn Giàu đề nghị xem lại các đánh giá tác động và nên tham khảo thêm ý kiến các hiệp hội trước khi đưa ra quyết định.

Cho rằng chưa yên tâm bấm nút, dù đã nghe lãnh đạo Bộ Tài chính giải thích, Chủ tịch Hội đồng Dân tộc Ksor Phước đề nghị phải làm rõ hơn lợi ích của doanh nghiệp và độ tin cậy của doanh nghiệp nước ngoài với pháp luật Việt Nam.

Nhấn mạnh đây là vấn đề hệ trọng, nhưng ý kiến cơ quan trình và cơ quan thẩm tra còn rất khác nhau, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng nói: “tôi cũng đang trung lập, chưa biết bỏ phiếu thế nào”.

Ông đề nghị hai cơ quan tiếp thu ý kiến tại phiên thảo luận chuẩn bị thêm để đến phiên họp sau lại trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội.

"Ta không khuyến khích xuất khẩu tài nguyên thô, nhưng cũng phải bảo đảm nhất quán chủ trương với doanh nghiệp và thông lệ quốc tế, đừng sốt ruột với ba bốn ngàn tỷ tăng thêm, đừng có làm động tâm lý quá lúc này", Chủ tịch lưu ý.