Theo đó, Sở Giao dịch chứng khoán thu phí đăng ký niêm yết lần đầu khi chấp thuận niêm yết chứng khoán và không thu trong trường hợp chuyển đăng ký niêm yết giữa các Sở giao dịch chứng khoán. Mức phí niêm yết lần đầu là 10 triệu đồng/công ty và lần niêm yết bổ sung tiếp theo có phí 5 triệu đồng/1lần.
 
Tại Trung tâm lưu ký chứng khoán, mức phí quản lý thành viên lưu ký là 40 triệu đồng/thành viên/năm.Phí quản lý thành viên giao dịch, thành viên lưu ký hàng năm được tính cho năm đủ 12 tháng và thời điểm bắt đầu được tính từ ngày đầu tiên của tháng sau tháng được chấp thuận là thành viên giao dịch, thành viên lưu ký. Mức thu này được tính là 20 triệu đồng/năm tại Sở Giao dịch chứng khoán.
 
Nhà nước cũng thu phí quản lý niêm yết hàng năm đối với cổ phiếu có giá trị niêm yết dưới 100 tỷ đồng là 15 triệu đồng; từ 100 tỷ đến dưới 500 tỷ đồng là 20 triệu đồng và giá trị cổ phiếu niêm yết từ 500 tỷ đồng trở lên được áp dụng mức phí 20 triệu đồng+0,001% giá trị niêm yết nhưng không vượt quá 50 triệu đồng. Tổ chức niêm yết sẽ phải nộp các khoản thu này.

Đối với trái phiếu, chứng chỉ quỹ (giá trị niêm yết theo mệnh giá) có giá trị niêm yết dưới 80 tỷ đồng có mức thu phí là 15 triệu đồng. Giá trị niêm yết từ 200 tỷ đồng trở lên có mức thu là 20 triệu đồng + 0,001%/ giá trị niêm yết nhưng không vượt quá 50 triệu đồng.

Các thành viên giao dịch chứng khoán phải nộp mức phí giao dịch 0,03%/giá trị giao dịch cho cổ phiếu, chứng chỉ quỹ đầu tư; 0,02%/giá trị giao dịch đối với cổ phiếu và 0,0075%/giá trị giao dịch đối với trái phiếu.

Tại Trung tâm lưu ký chứng khoán, phí đăng ký chứng khoán lần đầu đối với giá trị dưới 80 tỷ đồng có mức phí là 10 triệu đồng/lần; 15 triệu đồng khi giá trị từ 80 đến dưới 200 tỷ đồng và 20 triệu đồng khi giá trị chứng khoán trên 200 tỷ đồng. Nếu muốn đăng ký bổ sung phải nộp khoản phí 5 triệu đồng cho mỗi lần bổ sung tiếp theo.
 
Quy định chính thức có hiệu lực kể từ ngày 12/4/2010.