Theo kiến nghị của UBND Thành phố Hà Nội, khu vực Ba Đình luôn là trung tâm chính trị - hành chính quốc gia qua các thời kỳ lịch sử đất nước, do vậy không nên di chuyển trung tâm hành chính đến nơi khác. Trong khi đó, không gian của khu vực Ba Vì không đủ điều kiện thuận lợi về khí hậu, tiếp cận các loại hình giao thông, và cả yếu tố lịch sử, văn hóa, quốc phòng an ninh.
 
Hiện, một số bộ, ngành đã xây dựng trụ sở tại khu vực Mỹ Đình và một số địa điểm trong nội thành cũ, do vậy sẽ là lãng phí nếu di chuyển. Mặt khác, việc dời Trung tâm hành chính lên Ba Vì có thể ảnh hưởng đến vùng sinh thái tự nhiên đặc biệt của quốc gia và Hà Nội.
 
Ở một khía cạnh khác, nhiều ý kiến cho rằng, trung tâm hành chính là nơi hội tụ dân chúng, nên không được đặt tại Ba Vì bởi vùng này không có tính giao lưu, hướng ra bên ngoài.
 
Trước những thông tin trên, Lãnh đạo thành phố Hà Nội cũng đề xuất hai địa điểm có thể xây dựng trụ sở các cơ quan bộ, ngành của Chính phủ là khu vực Tây hồ Tây và Mỹ Đình - Mễ Trì.
 
Ý kiến sẽ được Thủ tướng Chính phủ xem xét và dự kiến đồ án quy hoạch chung thủ đô Hà Nội sẽ được phê duyệt trước dịp đại lễ 1000 năm Thăng Long.