TP.HCM kiến nghị được phép bán chỉ định các cơ sở nhà đất thuộc thẩm quyền quản lý của các quận, huyện nhưng đã cho các tổ chức, cá nhân thuê dài hạn, phù hợp quy hoạch, đúng mục đích. Khoản thu này sẽ dùng để thành phố có thêm nguồn kinh phí xây dựng cơ sở hạ tầng. Hiện thành phố có hơn 1.650 trường hợp thuộc diện này cần giải quyết, nhưng đang ách tắc vì phải chờ xem xét của Bộ Tài chính và Thủ tướng.

Về quản lý doanh nghiệp FDI, hiện số doanh nghiệp FDI trên địa bàn thành phố chiếm 1/3 số lượng cả nước. Trước diễn biến phức tạp về chuyển giá ở đối tượng này, Bộ Tài chính đã giao cho Sở Tài chính phải cùng tham gia thanh kiểm tra, phát hiện vi phạm chuyển giá. Sở Tài chính cho rằng, nhiệm vụ này vượt khả năng của đơn vị vì hiện nhiệm vụ quản lý hơn 600 doanh nghiệp có vốn Nhà nước đã quá nặng.

Để hỗ trợ doanh nghiệp, thành phố kiến nghị Bộ Tài chính cho phép phân định thời gian nộp tiền sử dụng đất theo hướng: nộp 50% sau 90 ngày nhận thông báo, từ 90-180 ngày nộp 50% phần còn lại.

Phân luồng xanh cho doanh nghiệp là một chính sách thông thoáng nhưng lợi dụng điều này, nhiều doanh nghiệp đã trục lợi thuế giá trị gia tăng. Làm việc với thành phố, Bộ Tài chính đề nghị Cục Hải quan phải rà soát lại 2 vấn đề: một là yếu tố con người, phải thường xuyên điều chuyển vị trí công tác, hai là rà soát lại quy trình, kiểm soát tình hình thực tế doanh nghiệp. Tới đây có khả năng các doanh nghiệp nhỏ phải trở lại quy định mua hóa đơn, sau thời gian theo dõi thấy ổn định mới cho phép tự in hóa đơn

Bộ Tài chính cho biết hầu hết các kiến nghị của thành phố đều phù hợp với thực tiễn và cần thiết tiếp thu điều chỉnh.